Kariyerine 2011 - 2012 sezonunda Darüşşafaka'da başlayan oyuncu ilk sezonunda 6 karşılaşmaya çıktı ve 1.7 sayı ortalamasıyla oynadı.

2012 - 2013 sezonunda Darüşşafaka'da ikinci sezonunu geçiren Merthan takımıyla ligde 22 karşılaşmaya çıkarken 2.5 sayı ortalaması tutturdu.

2013 - 2014 sezonunda Best Balıkesir takımına transfer olan genç oyuncu ligde 28 karşılaşmaya çıktı ve 4.5 sayı ile 1.2 ribaund ortalaması yakaladı.

2014 - 2015 sezonunun başında Melikşah Üniversitesi takımına transfer olan Merthan Mutlu 32 lig karşılaşmasında 3.6 sayı ve 2.2 ribaund ortalaması ile oynadı.

Geçtiğimiz sezon Spor Toto Basketbol Ligi takımlarından Torku Konyaspor'a transfer olan Merthan Mutlu 27 lig maçına çıkarken, 2.8 sayı ve 1.2 ribaund ortalamaları ile oynadı. 1994 doğumlu genç oyuncu yeni sezonda turuncu-beyaz formanın başarısı için mücadele edecek.