Ufuk Sarıca'nın Pınar Karşıyaka'da göreve başladığı ilk yılda yardımcılığını üstlenen Gençoğlu daha sonra Bostanlıspor'da 2 sezon başantrenörlük görevı yapmıştı. 
 
1997 yılında Pınar Karşıyaka altyapısında antrenör olarak göreve başlayıp daha sonra profesyonel takımda 2005 yılına kadar çalışan Gençoğlu, sırasıyla Halil Üner, Murat Didin, Ergin Ataman, Mete Bababoğlu, Ahmet Kandemir ve en son olarak 2 yıl önce Ufuk Sarıca'nın yardımcılığını yaptı. Pınar Karşıyaka'nın dışında, Tirespor 2. Lig takımında başantrenörlük, Beşiktaş'ta Murat Didin ve Ergin Ataman'ın yardımcılığı (2005-2008), Almanya'da (2008-2010) Frankfurt Skyliners, (2010-2012) Dusseldorf Giants takımlarında Murat Didin'in yardımcı antrenörlüğünü üstlenmişti. Bu sezon Euroleague'de oynacak olan Pınar Karşıyaka teknik kadrosuna da Engin Gençoğlu'nu eklemış oldu.